顺治十六年十一月（1659年），以“兴朝谥前代之君，礼不称，数不称宗”为由，去怀宗庙号，改谥庄烈愍皇帝，清代史书多简称为“庄烈帝”。
思陵神主题为：大明钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝，当为清代所加谥号的全谥。
另有书作守道敬俭宽文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝或果毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝，改庙号钦宗等，又有作庙号烈宗或敬宗，谥号正皇帝。
南明安宗之大臣张慎言初议崇祯帝之庙谥号为烈宗敏皇帝，顾锡畴议庙号干宗或乾宗。但不被采用。最终在崇祯十七年六月定先帝谥号为绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝，庙号思宗，弘光元年二月丙子改上庙号毅宗。唐王谥为威宗。
话说回头，政治斗争是非常微妙的，对于铲除魏忠贤一党，也许，当时朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。
最后倒魏，竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的，天启七年十月十三日（农历，下同），御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤——“呈秀毫无益于厂臣，而且若厂臣所累。
盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿。”这分明是丢车保帅之策。
崔呈秀在魏忠贤将门下号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。而且，由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁，居然中了进士。除去崔呈秀，等于断了魏忠贤一臂。
朱由检免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。这掀开了倒魏的大幕。
敏锐的官员们觉察到政治局势的动向，于是弹劾魏忠贤的奏疏接二连三地出现。朱由检一直不动声色，任由臣工们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉。
十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏，列举魏忠贤的十大罪状：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩边政、；九、伤民财；十、亵名器。
应当说，钱嘉征此疏并不是空洞的议论，十条罪名大都可以坐实。于是，朱由检立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读钱嘉征的奏疏。
魏忠贤“震恐伤魄”，立即去找他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到朱由检的允许。
十一月一日，朱由检斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤是过惯了有权有势生活的人，出京的时候，竟然还带着卫兵1000人、大车四十余辆浩浩荡荡地向南而去。
一个戴罪的宦官竟然如此跋扈，无疑刺激了朱由检敏感的神经。于是，崇祯接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。
十一月六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在客栈中，听着旁边房间里一名书生的《桂枝儿》小曲。
只听得“势去时衰，零落如飘草……似这般荒凉也，真个不如死”。魏忠贤在客栈中绕房疾走，最后自缢而亡。从此，树倒猢狲散，清算魏忠贤余党的行动也很快着手进行。
第一次崇祯八年崇祯八年（1635年）正月，在中原数省范围内流窜奔袭经年的陕西农民军突然挥师南下，出其不意地一举攻克明朝中都凤阳，大明开国皇帝朱元璋的龙兴之地，掘朱元璋祖辈之明皇陵并焚毁之，熊熊大火和弥天烟雾持续了数日之久。
随后，朝廷匆忙调集各省精兵八万余人在中原地区进行会剿。八月，洪承畴负责督剿西北，卢象升负责督剿东南，剿灭农民暴乱军之战事
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