后来到了西濠，展开西濠决战，墨离剩下两百跟着曹文昭攻进敌阵，乱砍乱杀，将民兵阵脚冲烂，官兵发动总攻，民兵队伍损失近万人，首领被抓两个，后来曹文昭有带着自己剩下的部队去收拾剩下的民兵，墨离也跟着，后来在南原伏击曹文昭，但是效果不佳，此时墨离的部队算是比较有经验的了，没有因为中了埋伏就慌乱，最后大败敌军，残余民兵继续逃，墨离因为部队伤兵过多而回去，曹文昭继续追击。
回去途中，遇到一伙官兵抢劫一个地主家，墨离带兵上去交涉，交涉无果，双方大打出手，虽然最后墨离赢了，但是却得罪了对方的头目——洪承畴亲兵副将上官齐，（之后南宫纵横率举族加入墨离，并且给墨离带去了大量的金钱田地），回到洪承畴军队大营，墨离开始休息，并且没事就给洪承畴提提意见，但是由于墨离的意见太过于前卫（至少当时是这样），加上上官齐及其党羽不断找麻烦，洪承畴开始讨厌这个话多的手下。（此期间墨离已经开始培养自己的势力，并且在陕西和山西开办手工工厂，并且用赚来的钱从外地购买粮食低价卖给当地平民，名望大涨）
虽然三个大头目死光了，但是他们的残部依然在继续战斗，但是鉴于陕西甘肃打得太狠，他们跑到了山西，（墨离相当一部分产业在山西，听到这个消息立刻请愿要求带兵清剿，但是洪承畴没有批准）那些残部决定团结起来，号召者叫王自用，集结了三十六支军队，什么高迎祥，张献忠，李自成等后期nb的家伙都来了，山西巡抚是个垃圾，没事排兵布阵，指挥乱七八糟，结果民兵攻克多地，崇祯把他撤了，换曹文昭上场，同时出场的还有左良玉，曹文昭因为知道墨离有点本事，就想洪承畴要人，墨离才顺理成章地带人到山西，此时他的部队已经换了一批新兵，加上老兵有七百余人，而且统一装备锁链甲，实力大增。
这一仗左良玉两胜一败，不过那一败有点惨，全军覆没，自己也是带了几个人才跑回来。曹文昭则带兵进攻民兵，手下加上墨离的部队也才四千人不到，遇到第一个敌人，上天龙，上天龙有上万人，但是不经打，一打就垮，第二个敌人叫混世王，部队是曹文昭的六倍，一番激战，（基本上一遍倒，看着吓人，但是官兵死伤并不大，接下来几个月，基本上搞定了山西的叛乱，最后碰到一个手下有二十万人的紫金梁，双方斗智斗勇，一个月有，紫金梁少了三分之一的部队，
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