重新编练组织，这使得蓝本战力就不错的固始汗嫡系，战斗力更是上了一层楼。
崇祯十二年正月，卫拉特诸部首领在明国大臣和喀尔喀蒙古诸王的见证下，终于完成了一部用于解决卫拉特部内部争议的法典。
和硕特汗鄂齐尔图汗终于得到了诸部首领的承认，成为了卫拉特之汗，巴图尔珲台吉成为了副汗，卫拉特诸部的内部抵触终于算是缓和了下来，初步成为了一个处所性的政权。
驻乌鲁木齐大臣杨嗣昌的抵达，也让南疆督军樊一蘅终于可以放下北疆的事务，带着固始汗和孟乔芳前往安集延，准备经略布哈拉汗国的战事。
孟乔芳带着一个骑兵师和一个炮兵团，约3千人。而固始汗则发动了近3万人，其中一万战士，一万半游牧骑兵，还有一万妇孺组织的辎重部队。显然固始汗此次就是打算往为自己占地盘的。
四月初，这只雄师从库尔勒出发，花了两个多月的时间后，固始汗带领的前锋就已经翻越了费尔干纳山，进进了费尔干纳盆地之内。
固始汗和驻守于贾拉拉巴德的吉尔吉斯人取得了接洽后，便懂得了当下盆地内的战局状态。他立即意识到这是击溃布哈拉军的大好机会，而只要击溃了这只雄师，一直到塔什干之前，他的部队都不会碰到什么抵抗了。
固始汗自然不会再给安集延城内的阿尔斯兰立功的机会，否则他如何能够开口请求盆地西部的浩罕地区应当回于自己。于是在联络了奥什的部队之后，固始汗强行接过了城外部队的指挥权，仰仗明军顾问部的整理，联军的指挥权实在一直控制在明军手中。
固始汗此时同样附属于明军序列，加上有着樊一蘅的授权，在阿尔斯兰不在场的状态下，他很轻松的就得到了城外部队的指挥权利。
经过了安排和调剂之后，固始汗以硕特部的精锐为主导，从城北向城东南打了围城的布哈拉军一个措手不及。而城内的阿尔斯兰见到城外布哈拉军陷进混乱之后，便亲身率军从城南和城东两个方向出兵，把围城的布哈拉军截为三段，于是城外的布哈拉军在这样的内外夹击下彻底失往了组织。
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